日元汇率每天更新的具体时间由各家金融机构和外汇交易市场决定，一般是在交易日的早晨开始。以下是一个典型的日元汇率更新流程：

1. 交易日开始：根据不同国家和地区的时区，交易日通常在当地时间早晨开始。这时，金融机构和外汇交易市场开始运营。

2. 数据收集：各家金融机构和外汇交易市场会从多个渠道收集相关的外汇市场数据，比如货币对的交易价格和成交量。

3. 数据处理：收集到的数据会经过处理，包括计算平均价格、波动率等指标，以及生成图表和报表等。

4. 汇率发布：一般在早晨或上午，金融机构和外汇交易市场会将更新后的汇率数据发布给客户和交易平台。这些数据包括日元对其他主要货币的汇率，比如日元对美元、欧元、英镑等的汇率。

5. 汇率波动：一旦汇率数据发布，市场上的交易者和投资者会根据这些数据进行交易决策，从而引起汇率的波动。

需要注意的是，汇率是由市场供求关系决定的，因此在外汇交易市场开放期间，汇率会随时变动。每天的汇率更新只是提供了一个参考点，实际交易时可能会有不同。